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GERDを有するほとんどの患者は、薬物療法をうまく行うが、医学療法の中止後の再発は一般的であり、長期維持療法の必要性を示している. GERDの最も重篤な合併症を発症し、それらを積極的に治療する患者のサブグループを特定することは重要である. LOTUS試験では、エソメプラゾールによる薬物誘発性の酸抑制または腹腔鏡下の抗逆流手術のいずれかを用いて、GERDの逆流治療を行うと、ほとんどの患者が寛解を達成し、5年間で寛解状態を維持することが示された. 乳児および非常に幼い子供の胃食道逆流症のほとんどの症例は良性であり、保存的な非薬理学的治療に反応する（発達障害は重要な診断上の例外である）。 80％が18ヵ月齢で解決（年齢10カ月で55％解決）. 一部の患者は、酸を減少させる薬物療法に「ステップアップ」する必要があり、わずかな少数しか手術を必要としない. 18ヵ月後の症候性胃食道逆流は慢性状態を示す可能性が高いため、長期的なリスクが増大する. 胃食道逆流がその後の小児期に持続する患者のために、抗分泌性薬剤による長期治療がしばしば必要とされる. 難治性の症例または逆流症に関連する合併症（例えば、狭窄、吸引、気道疾患、バレット食道）が同定された場合、外科的治療（基底移植）が必要である. 外科的罹患率および死亡率は、胃食道逆流に加えて複雑な医学的問題を有する患者においてより高い. 食道炎食道炎（食道粘膜損傷）は、GERDの最も一般的な合併症であり、約50％の患者に発生する（下記画像参照）. 食道炎は、内視鏡検査では必ずしも評価できるとは限らないが、内視鏡検査を用いて診断することができる. グレードII線状非コンポジットエロージョングレードIII円形コンフルエントエロージョングレードIV厳密またはバレット食道. 狭窄狭窄は食道炎の進行した形態であり、慢性深傷による円周線維化によって引き起こされる. 胃食道逆流狭窄は、典型的には、中〜遠位食道で起こり、上部消化管検査および内視鏡検査で視覚化することができる.

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原則として、食道狭窄の存在は、患者が外科的相談および治療（通常は外科的相談）を必要とすることを示すものであり、. 患者が嚥下障害に罹患している場合、バリウムの食道造影が可能な狭窄形成を評価するために示される. このような場合、特に食物摂取に関連する場合、狭窄した食道領域の機械的拡張を試みる前に、好酸球性食道炎を排除しなければならない. バレット食道長年にわたるまたは重度のGERDの最も重篤な合併症は、バレット食道. これは、正常な遠位扁平上皮性食道上皮の円柱上皮への化生的変換によって定義される. 腸型の化生を伴うバレット食道は悪性の可能性があり、食道腺癌の発生の危険因子であり（下の画像参照）、腺癌のリスクは30〜40倍に増加する. 食道狭窄の場合と同様に、バレット食道の存在は、外科的相談および治療（通常は外科的なプランポーション）の必要性を示し、.